در سال ۱۳۷۹ نهادهای سرمایه‌گذاری در کشور، تشکلی غیردولتی و غیرانتفاعی به نام مؤسسه توسعه صنعت سرمایه‌گذاری ایران (مؤسسه) را تشکیل دادند. این مؤسسه تا بهمن‌ماه ۱۳۸۶ فعالیت داشت و از آنجا كه بر اساس ماده ۵۳ قانون بازار اوراق بهادار جمهوری اسلامی ایران مصوب آذر ماه ۱۳۸۴، کارگزاران، بازارگردانان، سرمایه‌گذاران و سایر فعالان این بازار مکلف شدند هرکدام نسبت به تشکیل کانون خود اقدام کنند، در آذر ماه ۱۳۸۶ تعداد قابل ‌توجهی از نهادهای سرمایه‌گذاری (۹۸ شرکت) که بسیاری از آن‌ها عضو مؤسسه مذكور بودند به عنوان هیئت‌مؤسس نسبت به تشکیل کانون اقدام کردند. پس از موافقت سازمان بورس و اوراق بهادار (سبا) با اساسنامه، کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران در پانزدهم بهمن ۱۳۸۶ تحت شماره ۲۲۱۹۴ به ثبت رسید و در شانزدهم اسفند ماه ۱۳۸۶ فعالیت خود را با مجوز سبا به دبیرکلی علی ثقفی آغاز کرده و عملاً به‌عنوان جايگزين مؤسسه توسعه صنعت سرمايه‌گذاری ايران نيز تلقی گرديد. در حال حاضر نیز با بیش از 600 عضو با دبیرکلی رسول سعدی ادامه فعالیت می‌دهد.

دبیران کل کانون نهادهای سرمایه گذاری از ابتدا:

دکتر علی ثقفی (1388-1386)

علی ثقفی نخستین دبیرکل کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران (1388-1386). او بنیان‌گذار و نخستین رئیس انجمن حسابداری ایران، رئیس دانشکده حسابداری و علوم مالی دانشگاه علامه طباطبایی ، نخستین دبیرکل جامعه حسابداران رسمی ایران است. وی را به سبب بنیان‌گذاری دوره‌های کارشناسی ارشد و دکتری حسابداری و راه‌اندازی مجلات دانشگاهی حسابداری «آفریننده مکتب نظری حسابداری در ایران» می‌دانند.

دکتر شاپور محمدی

شاپور محمدی دومین دبیرکل کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران (1391-1388) است. او رئیس پژوهشکده پولی بانکی بانک مرکزی، رئیس سابق سازمان بورس و اوراق بهادار ایران، معاون پیشین اقتصادی وزارت امور اقتصادی و دارایی دولت یازدهم جمهوری اسلامی ایران، موسس و نخستین مدیرعامل بورس انرژی ایران، دکتری اقتصادسنجی و توسعه و دانشیار گروه مدیریت مالی و بیمه دانشکده مدیریت دانشگاه تهران است. وی در سال 1395 پس از کناره‌گیری محمد فطانت‌فرد ، رئیس سازمان بورس و اوراق بهادار شد.

دکتر بهروز خدارحمی

بهروز خدارحمی سومین دبیرکل کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران (1395-1391) است. وی مدرک کارشناسی و کارشناسی ارشد خود را در رشته حسابداری از دانشگاه شیراز در سالهای ۱۳۸۱ و ۱۳۸۳ دریافت کرد، همچنین موفق به کسب مدرک دکتری در رشته حسابداری در سال ۱۳۸۹ از دانشگاه علامه‌طباطبایی تهران شد. ایشان پس از دبیر کلی کانون به عنوان مدیرعامل شرکت سپهر صادرات منصوب گردید و تا هم اکنون در این سمت مشغول هستند.

دکتر سعید اسلامی بیدگلی

سعید اسلامی بیدگلی چهارمین دبیرکل کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران (1401-1395) است. وی فارغ‌التحصیل کارشناسی و کارشناسی ارشد دانشگاه صنعتی شریف است و دارای دکترای مالی از دانشگاه شهید بهشتی است. همچنین او تحلیل‌گر رسمی بین‌المللی سرمایه‌گذاری (CIIA) می‌باشد و فرزند دکتر غلامرضا اسلامی بیدگلی از اساتید به‌نام مالی و حسابداری ایران است. دکتر سعید اسلامی بیدگلی پیش از دبیرکلی کانون نهادهای سرمایه‌گذاری ایران عضو هیئت‌مدیره شرکت عمران و بهسازی شهری ایران بوده است و هم‌اکنون هم عضو هیئت‌علمی دانشگاه علامه طباطبائی و نیز عضو شورای عالی بورس می‌باشد.